Đảo Koumi, một hòn đảo du lịch nổi tiếng ở Nhật Bản với mặt biển trong xanh và những bờ cát trắng phau soi bóng hàng dừa.Tương truyền rằng ở dưới đáy biển cạnh hòn đảo này có một kho báu do hai chị em hải tặc Anne Bonnie và Marie Reed chôn giấu. Bị lôi kéo tới hòn đảo bằng một lời mời hấp dẫn từ giám đốc công ty du lịch của đảo, ông Mori, cùng với lũ trẻ, Ran, Sonoko, tiến sỹ Agasa đến hòn đảo này.Trong quá trình điều tra tại đây, Conan đã khám phá ra nhiều điều lạ lùng của những bí mật mà cậu trước khi đến đây vẫn chỉ cho đó là lời đồn. Rồi đến một ngày, Ran và Sonoko bị một nhóm người săn kho báu bắt giữ để làm mồi trong chuyến phiêu lưu đầy nguy hiểm để săn kho báu dưới đáy biển kỳ bí này.