Vào lễ Valentine năm CE 70(69), một quả bom nguyên tử đã được thả vào Julius 7 - một PLANT rất đông người sinh sống trên vũ trụ. Hậu quả mà quả bom để lại là cái chết của toàn bộ người dân trên PLANT này. Sau đó, căng thẳng giữa PLANT và Trái Đất leo thang thành xung đột vũ trang. Ban đầu, Liên Quân với lợi thế về quân số đông đảo và khí tài phong phú đã gần như áp đảo được ZAFT. Tuy nhiên, với tài năng và ý chí chiến đấu quật khởi, phe ZAFT đã chế tạo ra một thứ vũ khí mang tính cách mạng và nhanh chóng nhờ nó mà thay đổi cục diện của cuộc chiến. Đó là các Mobile Suit (MS). Để giành lại thế chủ động, Liên Quân đã đặt hàng với Orb - một quốc gia trung lập sản xuất MS dành cho người Natural. Các nhà khoa học của Orb đã tiến hành nghiên cứu tại Heliopolis. Tại đây họ đã thành công trong việc chế tạo 5 Gundam đầu tiên, đặt nền móng cho các MS sau này của Liên Quân. Tuy nhiên, ZAFT đã đánh hơi được sự tồn tại của 5 Gundam này và tiến hành đánh cắp chúng. Trong nhiệm vụ này, ZAFT đã thành công trong việc đánh cắp 4 trong 5 Gundam là Duel, Buster, Blitz và Aegis. Tuy nhiên, họ đã thất bại trong việc phá hủy chiến hạm kiểu mới của Liên Quân là Archangel và Strike - Gundam cuối cùng...