Sử Kí 12 Vương Quốc là một anime dựng trên một vài phần của bộ tiểu thuyết cùng tên của văn sĩ Ono Fuyumi (Ghost Hunt, Shiki, Koukushi no Shima, Tokei Ibun,… ) Nakajma Youko, một nữ sinh trung học hết sức bình thường ( ngoại trừ mái tóc đỏ bất thường), luôn tìm cách hòa nhập với mọi người và luôn muốn làm mọi người xung quanh hài lòng về cô. Cho đến một ngày Keiki, một người đàn ông với mái tóc vàng rực rỡ, bảo với cô rằng cô và anh ta phải trở về vương quốc của họ. Youko cùng hai người bạn Yuka và Asano bị kéo đến 12 vương quốc, một thế giới hoàn toàn xa lạ và kì quái. Sau nhiều biến cố xảy ra, Youko và những người bạn bị phân cách mỗi người một nơi. Một mình cùng với một thanh gươm, một viên ngọc, và hàng ngàn câu hỏi không có câu trả lời ở một nơi mà Youko không biết một chút gì, cô vật lộn giữa sống và chết để tìm ra câu trả lời về thân phận thât, số phận và mong muốn thật sự của bản thân mình.