Nhiệm vụ T là một hoạt động tình báo có vai trò cứu thế giới khỏi sự lụi tàn! Nhân vật chính là Negoro Botan, người được đào tạo thành Ninja từ khi còn nhỏ và được nuôi dạy như là đặc vụ tình báo giỏi nhất. Botan hợp tác cùng một đặc vụ tình báo khác, và tiếp nhận nhiệm vụ mang định mệnh toàn cầu. Mục đích là phục hồi lại di sản của nhà phát minh thiên tài Nikola Tesla, "Mảnh vỡ Tesla". Liệu cả hai có thể hoàn thành nhiệm vụ của mình, vượt qua những viên tình báo từ các quốc gia khác, những kẻ cũng đang nhắm đến những mảnh vỡ ấy?