Câu chuyện xoay quanh Fuwa Mahiro, một thiếu niên có gia đình bị sát hại một cách bí ẩn một năm trước và người bạn của mình Takigawa Yoshino. Mahiro đã ký giao ước với Kusaribe Hakaze, tộc trưởng của gia tộc Kusaribe, người đã bị bỏ lại trên một hòn đảo sa mạc bởi chính tay sai của cô và đồng ý để giúp Hakaze, đổi lại cô phải giúp cậu tìm ra thủ phạm cho cái chết của gia đình mình. Khi biết ý định của bạn mình, Yoshino đã tham gia cùng bạn mình vào nhiệm vụ chống lại những ai trong gia tộc Kusaribe có ý định đánh thức Cây Zetsuen, thứ mang trong mình sức mạnh có thể phá hủy cả thế giới.